Есть виза, оформляемая в консульстве за границей, и есть permit to stay, который ошибочно называют визой, оформляемый в иммиграционном офисе внутри страны.
Судя по упоминанию 90 дней, вам предлагают оформить первое - нон О-А multi entry.
Для оформления визы место жительства не имеет значения, а в анкете на permit to stay вы указываете свой тайский адрес, и если вы подаете в другом городе, у вас эту анкету не примут.
Для второго выезжать каждые 90 дней не надо. Этот вариант проще и дешевле, помогал надо привлекать только если нет 800 тыс в тайском банке.
По поводу отказа из за визовой истории - это вряд ли.
Цель иммиграционного бюро не разогнать живущих в стране иностранцев, а упорядочить их пребывание.