У нас в начале сентября похожий маршрут Кельн-Гент-Брюгге-Амстердам.
Брюссель в этой схеме исключили ради ночевки в Генте.
Вариантов несколько:
Из Брюгге до Амстердама можно дехать
ж/д с пересадкой в Антверпене.
Здесь тоже разные пути:
1. Покупать отдельные билеты Брюгге - Антверпен (на сайте бельгийских жд
http://www.belgianrail.be/en/Default.aspx)
и Антверпен - Амстердам
https://www.b-europe.com/Travel2.По последней ссылке уже можно выбрать международный рейс и, соответственно, купить единый билет Брюгге - Антверпен.
Но суть будет та же, те же пересадки. Обращайте внимание на время стыковки - часто это несколько минут всего. Не зная совершенно что там и как, может быть сложно с ходу сориентироваться. Может целесообразнее сделать пересадку подольше, заодно и город чуть глянуть
Есть и
автобус Евролайнс Брюгге-Амстердам - прямой, без пересадок (
http://www.eurolines.be/en), от 10 евро (если брать заранее) +3 за резервацию, но там время отправления только в 14.25.