Бывает, не повезло. Ни один пассажир не застрахован от некомпетентности/вредности сотрудника на стойке в любом аэропорту мира.
Правила перевозки багажа туркишей не содержат запрета на регистрацию багажа до пересадочного пункта.
В Стамбуле по прилете также можно попросить выдать багаж после первого сегмента, даже если он был зарегистрирован до конечной точки.
Мне как-то в Тель-Авиве сотрудник наземной аэропортовой службы отказал в перевозке обычной пивной крышки в ручной клади, отнеся ее к холодному оружию. Но я спокойно к этому отнеслась, понимая, что это особенность страны с крайне высоким вниманием к безопасности, а не правила туркишей.
Опыт у каждого свой, этим и полезен форум.