Убийства Фальконе и Борселлино вызвали широкое общественное возмущение и вынудили власти действовать. 15 января 1993 года Риина был арестован в Палермо. Во время ареста он уверял, что является обычным бухгалтером, однако отказался ответить на вопрос, на какую компанию работает. Во время ареста Риина поблагодарил полицию за хорошее к нему отношение. На слушаниях он заявил, что никогда не слышал о мафии и не знает, что является одним из самых разыскиваемых людей в Италии.
Ликование от ареста Риины оставило в тени тот факт, что до своего ареста он жил в Палермо без беспокойства с чьей-либо стороны. Лечился от диабета, и его дети приходили к нему в больницу под своими настоящими именами. Известно, что он даже ездил в Венецию, чтобы провести там медовый месяц.
Риина, приговорённый к двум пожизненным срокам, был обвинён в совершении и заказах сотен убийств, в том числе Борселино и Фальконе, а также Карло Альберто Далла Кьеза, командира карабинеров в Палермо, и Сальво Лимы, итальянского политика, подозреваемого в связях с мафией. За убийство последнего в 1998 году он был приговорён к очередному пожизненному заключению.
По состоянию на 2011 год содержался в тюрьме строгого режима и имел ограниченные возможности контактов с внешним миром. В 2004 году перенёс два сердечных приступа.
14 апреля 2015 года флорентийский суд ассизы снял с Риины обвинение в причастности к организации теракта в поезде «Неаполь — Милан» 23 декабря 1984 года.