Костел основал Великий князь Литовский Ягайла в 1387 г., но строительные работы были завершены лишь к 1423 г. ыстроен в 1738—1749 годах по проекту И. К. Глаубица на средства Т. Ф. Огинского.
Тадеуш Франтишек Огинский(1712-1783), маршал (председатель) Сейма Речи Посполитой в Гродно (1744г), воевода Троцкий, член Постоянного совета Речи Посполитой (1776-1778), дед Михаила Клеофа Огинского, автора популярного одноимённого полонеза.
Это был приходской костел города. В 1571 г. запущенное здание было отдано иезуитам, которые в 1580-1586 гг. его удлинили и увеличили в размере. Во время перестройки здание было продлено почти на треть своей прежней длины на восток, до Замковой улицы (ул.Пилес) и приобрело ренессансные черты.
Портал центрального входа украшают две небольшие колонны, поддерживающие декоративный балкон.
Русская армия, занявшая Вильнюс в 1655 г., сильно повредила костел, а в 1702 г. шведы разграбили все его серебряные изделия. В 1737 г. здание горело, но после пожара было полностью реконструировано по проекту архитектора Иоганна Кристофа Глаубица. Первоначально здание было построено в готическом стиле, но
после больших пожаров в 18 веке было реконструировано в стиле позднего барокко. После упразднения ордена иезуитов (1773) храм был передан Главной виленской школе (впоследствии - Виленский университет), и вплоть до 1812 г. принадлежал Медицинской академии Вильнюсского университета.
Рядом с костелом стоит колокольня квадратного сечения. Полагают, что колокольня костела была построена в 1608 г. и реконструирована в 1743 г. Высота колокольни 68 м, над ней возвышается крест высотой 6,2 м.
В 1826—1829 по распоряжению властей императорского Виленского университета была проведена основательная переделка интерьера. В тот же период у входа на южном фасаде по проекту архитектора Кароля Подчашинского в 1827 году был сооружён портик в стиле классицизм с четырьмя колоннами коринфского ордера. После того, как университет в 1832 году был закрыт, костёл перешёл в ведение Медико-хирургической академии и назывался Академическим костёлом Святого Иоанна. С упразднением виленской Медико-хирургической академии (1842) костёл лишился официального казённого владельца и стал самостоятельным приходским храмом.
После Второй мировой войны с середины 1960-х годов он реставрировался и после реставрации был передан Вильнюсскому государственному университету. В храме был устроен Музей науки (Музей научной мысли) и оборудована соответствующая экспозиция.
Во времена перестройки костёл был возвращён католической церкви и 11 июля 1991 года заново освящён. В настоящее время действует как неприходской костёл Вильнюсского деканата, управляемый отцами иезуитами. Службы проходят на литовском языке, по воскресеньям — на латыни.
Между колоннами третьего яруса установлены скульптурные фигуры Иоанна Крестителя, евангелиста Иоанна (в центре), святого Игнатия Лойолы и святого Франциска Ксаверия (по боркам) скульптора Яна Геделя.
Алтарь костёла образует ансамбль из десяти алтарей на разных уровнях, в разных плоскостях.
Крещение Христа
Канделябры
Главный алтарь встроен между двумя массивными колоннами, у которых располагаются другие алтари. Главный алтарь сооружён на средства маршала Альберта Войцеха Радзивилла.
У колонн установлены скульптуры Иоанна Златоуста, папы римского Григория Великого, святого Ансельма и святого Августина.
Главный алтарь соединён с алтарями святого Игнатия Лойолы и святого Франциска Ксавера – основателей ордена иезуитов.
За этой группой у южной стены располагается алтарь Марии Лоретской со статуей Девы Марии, окружённый декоративной изгородью кованого железа с воротами.
В боковых северном и южном нефах располагаются полукругом, повторяющим форму апсиды, ещё шесть алтарей, — святого Иосифа и Св.Игната, святого Казимира, Христа Распятого и святых Петра и Павла, святого Николая и скорбящей Божией Матери. Ансамбль считается шедевром искусства, не имеющим аналогов в мире.
Справа от главного алтаря
Большие витражи в окнах пресвитерия изготовлены, вероятно, в 1898 году в мастерской Эрнста Тоде в Риге.
18 гипсовых фигур установлены по две у каждой колонны в центральном нефе. Из них 12 изображают различных святых Иоаннов — Иоанна Непомука, Иоанна Дамаскина, Иоанна Крестителя, Иоанна Златоуста, Иоанна Климака, Иоанна Капистрана и других, а также святого Бонавентуру, Игнатия Лойолу, Станислава Костку и других. Статуи относятся ко второй половине XVIII века.
Интерьер украшают 23 алтаря стиля барокко
Капелла-мавзолей магнатов Огинских, сооружённая в 1768 году. Её портал выполнен в стиле классицизма. Она была закрыта. удалось сфотографировать только витраж.
В капеллу Святой Анны ведёт изящный портал в стиле рококо. Над входом - непорочное зачатие.
Эта часовня очень красива.
Особенно привлекает к себе внимание – распятие, где Христос распят не на кресте, а на дереве, похожем на родословное.
Есть в этой часовне и малый орган.
