Не только в Венеции, а вообще в туристических местах, я заметил такую закономерность: с утра, как правило, везде огромные толпы и очереди туристов-пакетников (или -круизников), которых привозят на автобусах из окрестных отелей и/или ближайших портов. Потом их ведут обедать (в 12-час-два-...), и увозят. И вот после этого-то обычно и можно попасть внутрь достопримечательностей без особых очередей, а то и вовсе свободно.
Потому посоветую до обеда запланировать те достопримечательности, куда не надо входить по билету. А куда надо, те на после обеда.
Повторю, что это совет не только для Венеции, а вообще для раскрученных туристических мест.
Ещё напомню, что от пьяццале Рома до Сан-Марко (или наоборот) можно дойти пешком минут за 40, совершенно не торопясь (но и не задерживаясь особо! или добавьте время).
Вот с учётом этого и планируйте....