Где остановится: до Праги - это Краков, Кутна-Гора, после Праги: Амберг, Нюремберг, Ротенбург над Таубером, Баден-Баден, Страсбург, Кольмар. Для более подробного ответа надо знать время на дорогу до Дижона.
Заправляться лучше у гипермаркетов, там цены на бензин, как правило, подешевле.
Где останавливаться, зависит от Вашего бюджета.
Для проезда по платным дорогам Чехии нужна виньетка.
По Германии автобаны бесплатные.
По Франции автобаны платные, оплата на месте наличкой или картой. Но можно и по бесплатным, так более интересно, но времени надо побольше.
Почитайте еще вот здесь:
Как оплачивать проезд по платным дорогам. Тактика вождения За границей. Какие требования к автомобилю в Европе - 2