Исходя из небольшого времени для поездки, Вам действительно лучше посетить лишь Боракай и Палаван (там находиться посёлок Эль Нидо).
Зайдите на сайт Себупасифик, это самый толковый, надёжный и недорогой авиаперевозчик на Филах. Сильно рекомендую именно его.
http://www.cebupacificair.com/Pages/default.aspxПосмотрите там карту маршрутов (route map) как международных так и внутренних.
Скачайте текущее расписание рейсов международных и внутренних.
Чтоб добраться до Боракая, нужно лететь до аэропортов Катилкан или Калибо. Чтоб добраться до Эль Нидо нужно лететь до аэропорта Пуэрто Принсесса, потом еще на автобусе или вэне. Из Гонконга можно улететь в Манилу и Себу. Из обоих городов есть рейсы на нужные Вам острова.
И далее складывайте нужный Вам пазл перелётов, как нужно по датам и времени.
Про покупку билетов на Себупасифик почитайте вот эту очень полезную тему:
FAQ. Cebu Pacific - ответы на частые вопросы