Попробую помочь.
1. Если у Вас виза электрон (без чипа), то по ней есть ограничения. По-моему не все сайты бронирования отелей работают с такими, могут быть сложности с билетами.
Оформите виза классик, сделают за считанные дни. В обслуживании не сильно дороже, таких ограничений как с электроном нет.
2. Про вулкан не знаю, поройтесь на форуме, есть отдельные темы про Пинатубо.
3. Про переезд в Эль Нидо правильно понимаете. Почитайте здесь:
Как добраться из Пуэрто-Принцесс до Эль-НидоУ меня в памяти отложилось, что есть какие-то ночные рейсовые автобусы. Но на такой авиарейс выезжать надо не в 3, а в полночь где-то, иначе рискованно. Если полетите таким ранним рейсом, то к вечеру наверняка попадёте на Борокай. Прямой билет Эль Нидо - Манила стоит долларов 200 с носа, подробнее читайте тут:
На самолёте в Эль-Нидо из Манилы (SeaAir, ITI авиа)4. Не надо бронировать туры заранее, легко найдёте на месте. Очень легко. Даже приехав в Эль Нидо утром, можно в течение 20-30 минут рвануть на острова.
5. Если серьёзно, то чтобы в полной мере насладиться красотами Эль Нидо нужно дней 5. Вы сами потом пожалеете, что выделили всего 2 дня. Туры бывают спаренные, что-то типа А+С, C+D и т.п., точно не помню. Я не могу выделить какой-то, очень понравились все. Вроде как А и С больше хвалят, возьмите такой спаренный и В отдельно, так как его вроде не спаривают, его точки сильно в стороне от других. Но это не сильно принципиально.
6. Очень давно не бронировал на букинге, но вроде бы у Вас правильное представление о процессе.
Спрашивайте если что неясно, поможем.