Составить маршрут за другого человека "с нуля" очень сложно, а уж на 12 дней, да с машиной... (в том смысле, что я бы при таких вводных не только Баварию, но и французский Эльзас захватил бы...)
Так что пока подождите с маршрутом, изучайте регион, выбирайте "своё" и набрасывайте список понравившихся мест - хотя бы десяток (навскидку - ещё Регенсбург, Бамберг, Вюрцбург, из Мюнхена - Ландсберг и Вассербург). А там уже берите Гугл-карту и начинайте строить пути - сами переезды в любом случае получатся недлинными. И тогда будет более-менее ясно, сокращать список или добавлять что-то ещё. И после этого на сформировавшейся "местечковой" базе уже прокладывается "чистовой" маршрут. Собственно, большинство маршрутов практически всегда строятся именно так.
PS. А вообще, выбрав 2-3 города в качестве баз, довольно легко можно построить такой маршрут, чтоб развязать себе руки и с машиной не заморачиваться вовсе. Если только вещей не "воз и маленькая тележка"