Мне кажется, никаких экстраординарных трудностей в вашем маршруте нет. Поезда из Афин в Каламбаку идут со станции Ларисса, расписание смотрите на
https://www.trainose.gr/Не хотите ехать ночью, езжайте с утра, нет никаких проблем. Бронируете отель или лучше аппартаменты в пешей доступности от этого вокзала, из аэропорта добираетесь на метро до станции Ларисса и идете в отель, можете успеть засветло, так что не страшно. Хотя мне кажется уровень опасности ощущается больше по субъективным ощущениям от неприглядного окружения и наличия большого количества подозрительных личностей, а так, если специально в притоны не заглядывать, а соблюдать разумные меры предосторожности, то вероятность не выше, чем в любом другом мегаполисе.
Ну, а утром на поезд и через четыре часа в Каламбаке, естественно, места сидячие, но на мой взгляд, гораздо удобнее и немного быстрее, чем на автобусе, правда подороже будет, хотя про автобус я не знаю точно.