По телефону в ВЦ сказали, что принимают билеты только на прямые рейсы
Да в смысле не принимают они? Ложь и провокация, обязаны принять, настаивайте, чтобы принимали. И главное, чтобы в перечне документов вы лично поставили галочку, что авиабилеты ПРЕДОСТАВИЛИ.
Не могут они не взять! А вы по незнанию и ведётесь. Ни на одном официальном ресурсе инфы про прямые билеты вы не найдёте