Купить JR Pass онлайн
Можно попробовать рассчитать стоимость проезда с помощью этого сайта http://grace.hyperdia.com/cgi-english/hyperWeb.cgi и понять выгоден ли для Вас KANSAI THRU PASS, при стоимости 5000 йен за три дня - если вы планируете посетить Осаку, Нару и Химедзи окупится однозначно (проезд за нал будет стоить от 6880 до 12720 йен - плюс бонус -путеводитель и скидки в музеи).
Мне показалось, что сеть JR более развита, понятна и удобна, чем местные линии.