1. Машина или дойчебан - вопрос скорее философский, чем практический. Удобно и так и так - проблема с машиной та, что при сдаче ее в другом городе получится дороже, с парковками в городах может быть туго, и без навигатора можно заплутать. В остальном скорее одни плюсы. Но на первый раз все же, лучше поездом.
2. Три основных интересных района между Берлином и Франкфуртом это: Гарц (Гослар, Вернигероде, Кведлинбург и пр) и Тюрингия (Веймар, Эрфурт, замок Вартбург).
И Гессен ближе к Франкфурту - Вецлар, Марбург, Лимбург. Особенно последний. Хотя он и чуть в стороне.
Upd: сайт для поиска жд маршрутов и билетов:
http://www.bahn.de/p/view/index.shtml