Это, конечно, замечательно , только надо понимать, что Нагоя хорошо ложилась в маршрут между Токио и Киото, а Нагано - гораздо хуже (см. географическую карту).
И, пожалуйста, укажите аэропорты прилета-вылета, желательно с временем прибытия-отбытия Ваших рейсов. Если есть конкретные даты - было бы вообще замечательно.
В целом, в качестве одного из вариантов я бы предложила ехать из Токио с ночевкой в рёкане в
Сибу онсэн или
Юданако онсэн, оттуда съездить к обезьянам. Далее перебираться в Киото, но это длинная дорога (часов пять). Разбить её можно остановкой в
долине Кисо (аутентичные улочки (точнее сказать, целые деревни) с деревянными домами), правда, зимой там меньше возможностей для прогулок, ибо снег с большой вероятностью. Другой вариант "разбивки" - заехать в
Канадзава.