Дак вроде есть антиковидное постановление, что граждане РФ через наземные пограничные пункты могут выехать из страны только с условиями.
http://ps.fsb.ru/fps/general/info/covid.htm (прокрутите до "Выезд из Российской Федерации возможен для граждан Российской Федерации следующих категорий:")
Поэтому и просят второй паспорт. Можете выехать на лечение, к родственникам или с ВНЖ. Тогда паспорт Украины показывать не надо.
P.S. На границе Крым-Украина никогда не был, но часто езжу через наземную границу РФ-Эстония. Не думаю что правила разные для этих границ.