Иногда не показывает пересадки, которые система считает "невозможными", хотя на самом деле они вполне реальны! Например, у меня так было с пересадкой с первого синкансена Хикари на Хиду. Там просто перейти на другую платформу. Разница между прибытием и отправлением была в районе 10 минут, но Hyperdia упорно сажала меня на следующую Hid'у через час.
Если искать два участка по-отдельности, то никаких проблем. Я спокойно пересел, и ещё куча времени оставалась.
---------
Кстати, никогда не думал, что Limited Express могут так опаздывать. Изъездил на них всё Кюсю и регион вокруг Осаки - ни одной осечки. Секунда в секунду всё ходило. С одним исключением, когда был нереальный ливень, и Yufuin No Mori остановился в поле. Видимо, всю линию остановили, боясь оползней в горах.