komar0660,
1. Почему выбрали апрель? Мне кажется, если ехать в апреле, то стоит пользоваться его преимуществами. Например, цветение сакуры в Тохоку (хотя зависит от дат поездки и насколько ранняя весна будет).
2. Парков развлечений слишком много, словно едете не в Японию. Выбор за вами, конечно - может, подростка иначе и не затащить туда, особенно если он аниме не смотрит))
3. Поездки в Юниверсал парк, Нару и Киото вы что, из Токио собираетесь исполнять? Забудьте про это. В парки развлечений нужно приходить за полчаса до открытия (и не в выходной). До Нары из Токио и обратно только на дорогу 10 часов. В Нару ради оленей? Лучше съездить в Кансай на 4-5 дней, остановиться в Киото (или в Осаке) и всё смотреть оттуда: 2 дня на Киото, 1 на Нару, 1 на Юниверсал парк и 1 запасной. Пасс не нужен - он не окупится. Ну то есть если как вы написали, из Токио ездить, то окупится, конечно, но проводить больше половины дня в дороге - как-то глупо.
4. Никко можете оставить, если кроме парка Эдомура хотя бы до усыпальниц сёгунов заглянете (между ними автобус ходит, но учтите, что всё работает только до 4 вечера), также в Кинугаве есть хороший музей миниатюр Tobu World Square под открытым небом - так что можно с 9 (а лучше с 8, но вставать придется в Токио рано!) до 11 смотреть гробницы, с 12 до 15-00 Эдомура и с 15-30 до 17-00 парк миниатюр Тобу (или Лабиринт, он до 16-30 и прямо у парка Эдо).
https://www.japan-guide.com/e/e3878.html5. Круг по Хаконе с посещением Юнессан в конце лучше совершать самостоятельно (не в выходной, опять же) с покупкой проездного из Токио.
6. Если боитесь заблудиться в метро, используйте ж/д. Линия Чуо, как и линия Яманоте - это не метро, а именно ж/д. Все основные достопримечательности достижимы (разве что кроме зоны Асакуса-Скайтри-Одайба), однодневный проездной что-то вроде 750 йен. Хотя не то чтобы там особая экономия выйдет, так что берите Suica и не парьтесь. На Токио дня 3 нужно: один на музей Гибли (вот лучше с утра!) + Сибуя-Синдзюку-Харадзюку (с поверхностным осмотром районов, конечно), один на Акихабара-Асакуса-Одайба (хотя на Одайбе можно весь день провести, если задаться целью), один сами заполните. А эти экскурсионные автобусы - ненужные рамки и трата времени. Хотя каждому своё.
А вообще, если вы ссылаетесь на экскурсии, лучше ссылки тогда прикладывайте, а то вообще непонятно их содержание. Вот вдруг именно по Хаконе экскурсия хорошая? (Но если хорошая, то жутко дорогая будет)