Есть China Southern до Манилы за 23к через Гуанчжоу, только тут лучше брать прямой рейс из Москвы до Гуанчжоу без посадки в Урумчи. Это скорее всего чуть дешевле, чем от Гуанчжоу за 17к и дополнительный перелет китайцами до Манилы (обычно от 7к, Cebu Pacific тут брать нельзя, т.к. не посадят на рейс назад без визы), плюс всё в одном бронировании + китайцы дадут отель на обратном пути. Но посмотреть Гуанчжоу в таком случае не получится (нет времени). У них была акция и они продавали это не за 23к, а за 18к в прошлом году вроде бы, но будет ли она снова большой вопрос.
Если 17к до Гуанчжоу и 20к до Гонконга это Аэрофлот, то можно взять на сайте Аэрофлота, и если будет спецуха дешевле, то купить по спецухе новый билет , а этот сдать. Если цель посмотреть город по пути, то Гонконг действительно намного интереснее, но и дороже (в основном отели).
Если лететь через Гонконг, то можно улететь оттуда в Себу (из Гуанчжоу вроде бы никто напрямую туда не летает), а из Себу на Сиаргао. Если же лететь из Манилы в Сиаргао, то либо через Себу, либо в аэропорт Суригао,а оттуда на пароме (сам там пока не был, точнее как добратся не подскажу, но как то думаю можно). Потом уже в Эль-Нидо и назад в Гонконг наверное дешевле из Манилы уже. Правда надо смотреть цены на конкретные даты Гонконг-Манила и Гонконг-Себу, а также на Себу-Сиаграо, Манила-Суригао.