При пересечении границы нужно предъявить 2 документа: 1. Действующий паспорт 2. Действующую визу (она может быть и в другом паспорте) Так что, если оба условия соблюдаются, то пустят.
Я бы позвонила в консульство Японии и узнала у первоисточника.
И тогда еще я думал, что надо написать рассказ, как Япония - затянула, заманила, утопила, забучила иностранца, точно болото, точно леший... Б.Пильняк Корни японского солнца
Очень осторожный консул, настоящий дипломат. Вот Японское посольство в Сингапуре прямо и честно говорит, что если оставшийся срок действия визы больше года - её перенесут в новый паспорт, а если меньше - даже связываться не станут, езжай себе со старым и новым.
For visa with less than one-year validity, the visa-holder is advised to enter Japan with both the old and new passports.