Бывает. Обычно написано на сайте перевозчика - есть ли он, и если да, то по каким направлениям действует. Например, при транзите из Берлина в Санкт-Петербург через Москву у Аэрофлота есть. Формально это выглядит так: пассажир, регистрируя багаж до конечной точки самим своим действием (!) декларирует отсутствие в багаже товаров, подлежащих обязательному декларированию. То есть получается как бы "зелёный коридор" для чемодана. Соответственно, если подобные товары есть в чемодане, то не только багаж задержат, но и пассажира ждёт административная ответственность, точно такая же, как если этот пассажир с этим чемоданом попёрся через зелёный коридор на обычной таможне. Вся разница в том, что вместо самого пассажира чемодан через таможню физически перемещает авиакомпания (для удобства пассажира), но по прямому указанию пассажира (выразившемся в регистрации до конечной точки). Понятно, что эта услуга предоставляется не везде и не всегда: либо авиакомпания не оказывает, либо аэропорт или таможня в этом аэропорту не приспособлены, и так далее. Весь список возможных направлений с упрощённы порядком оформления багажа даже у Аэрофлота не больно-то и велик. Но что делать, если товары, подлежащие обязательному декларированию (напомню, что это товары не запрещённые, а вполне разрешённые к перемещению через таможенную границу РФ, но обязательные к предъявлению сотрудникам таможенной службы) в багаже есть? Очень просто: не пользоваться услугой по упрощённой регистрации багажа, сиречь не регистрировать багаж до конечной точки (сравни: если у Вас есть такие товары, Вы просто не идёте в зелёный коридор и сами без подсказки выбираете красный коридор, хотя он более неудобный при оформлении).
В то же время, насколько я понимаю, если упрощённого порядка оформления багажа на данном конкретном направлении у авиакомпании нет, то на стойке регистрации багаж мне в принципе не зарегистрируют до конечной точки? Или может такое быть, что багажная бирка до конечной точки, а я при этом обязан получать багаж в транзитной точке и проходить таможню?