Я бы лично, Каунас пропустил, а за замком поехал бы в Тракай, да более туристично, но там хоть замок отстроен лучше. Ну и время на дорогу вы преувеличили, максимальная разрешенная по трассе в летний период 130 км/ч, от Клайпеды до Каунаса получается часа два, я в последний разкогда в Вильнюс ездил в 3,5 часа до аэропорта укладывался.
Про Клайпеду тоже соглашусь с
windflower , Морской музей на реконструкции, работает только дельфинарий, который скорее всего не впечатлит, если в подобных местах уже бывали, то есть можно пропускать. В Клайпеду есть смысл ехать если есть планы покататься по литовскому побережью и на косу, использовать как базу, она по факту практически посередине побережья стоит.
Если интересуют аквапарки, то я бы еще выделил день (сэкономленый на Клайпеде) на Друскининкай, плюс там город достаточно компактый и заточен под туристов с детьми в том числе, там помимо аквапарка есть еще снежная арена и другие развлечения типа веревочных парков, хотя такие парки есть во всех более менее крупных городах наверно.