Посмотрите
тут и следующий пост, там речь шла об обратном маршруте, но, возможно, и для Ваc ответ найдется.
То расписание, на которое Вы даете ссылку, касается т.н. highway buses, т.е. скоростных автобусов-экспрессов в Хаконэ из Токио, Йокогамы, Ханэды. Они, возможно, действительно не предполагают посадку внутри Хаконэ, только высадку. Вам нужны местные "хаконские" автобусы (Hakone Tozan Bus).