Один из вариантов - сначала автобус от аэропорта в Краков и там в 4.40 автобус в Закопане. Расписание от аэропорта вроде зависит от даты (есть рейсы в 23.00, есть в 1.50), скучать в аэропорту или в Кракове.
Не знаю актуально ли еще, но на всякий случай. Есть по крайней мере два перевозчика которые везут с аэропорта Катовице в Краков сразу на вокзал. https://www.matuszek.com.pl/ua_transfery.html https://www.pyrzowiceekspres.pl/ua Цена около 50 злотых в один конец, что довольно дорого, но доезд довольно быстро и без напрягов. Оттуда можно сразу уже пересесть на автобус в Закопане.