1. не берите отдельные билеты на Alpine Route, берите комбинированный билет. будет дешевле. И он включает экспресс бас от Нагано
http://jrtateyama.com/e/ . покупать надо как минимум за день
2. посчитайте, скорее всего у вас окупится Hokuriku Arch Pass начиная с Тоямы
http://hokuriku-arch-pass.com/en/ его недостаток в том что не покроется ни капли дороги до Никко или Кавагучико
3. опять же надо посчитать стоимость переездов. Лично я с таким расписанием взяла бы семидневный пасс начиная с Alpine Route, чтобы доехать до Нагано. он как раз покроет часть дороги до Никко и Кавагучико. И у вас останется три последних дня без пасса, но он вам там и не нужен. Надо считать.