Билет на автобус до Таллина из СПб куплен на 10 вечера.
Так сдайте этот билет и купите другой, благо там и позже есть несколько отправлений. Тем более что и в Таллин этот рейс приезжает слишком рано. Общественный транспорт ещё не ходит и всё вокруг, включая само здание автобусного вокзала, закрыты на висячий замок.
но примерно в 00:30 по мск времени (23:30
Это Вы только на российскую границу прибудете и будете там полчаса проходить таможенные формальности.
Когда по прошествии получаса достигнете эстонского пункта пропуска и вас всех пригласят в терминал, то просто займите очередь в самом её хвосте, если конечно это будет актуально. Возможно что второе число, к этому времени, уже наступит.
а с автобусом не угадать, во сколько он приедет на границу.
Угадывать не надо. Можно просто рассчитать. Обычно до Нарвы, с учётом пограничных формальностей, автобус идёт два с половиной часа или несколько больше. Плюс час на часовой пояс.
Получается что укладываетесь, но непонято зачем Вам вообще это нужно. Спокойно поезжайте на более позднем рейсе.