Что касается группировки достопримечательностей... Если исходить из того, что Вам
Senor Coconut по Киото предложил (хотя я бы как минимум насчет Тодзи поспорила), то фиг это сгруппируешь - всё в разных углах, если только от Киёмидзудэры до Гиона реально и есть смысл идти пешком.
Я бы вообще другой список предложила.
Например,
Кинкакудзи плюс
Рёандзи - это одно утро, они более-менее рядом (минут 7-10 на автобусе друг от друга). Оттуда минут 30-40 автобусом до
Гинкакудзи, дальше можно
Философской тропой пройти до
Эйкандо и
Нандзэндзи (если только в одно место успеваете - лучше Нандзэндзи, имхо).
Второй день начать с
Фусими Инари и опционально (если не полезете в Инари до самой верхотуры)
Дайгодзи или
Сандзюсангэндо, после обеда -
Киёмидзудэра, оттуда улочками
Южной Хигасиямы через
Маруяма-парк и
Ясака Дзиндзя - на
Гион, он вечером колоритнее.
Что касается Осаки - я по ней не спец. Была там один день, посетила Умеда Скай Билдинг, Аквариум (из того, что
Senor Coconut посоветовал) и
Сумиёси Тайся. Ну, по Дотомбори на Намбе в темноте прошлась. В целом - понравилось, но два дня бы я на неё тратить не стала, лучше б в Нару или в Камакуру съездила.
Токио я тоже не большой любитель. Из предложенного сходила бы однозначно в
Уэно ради храма Уэно Тосёгу и, возможно, зоопарка с гигантской пандой и на
Цукидзи. 2-го числа к Императорскому дворцу потолкаться на предмет посмотреть на императора Вы тупо не успеете доехать из аэропорта (последний посмотр - в 14:20). Можно сходить в другой день на экскурсию. Цукидзи будет закрыт с 31 декабря по 4 января. Т.е. туда только 5, 6 или 7 (это к вопросу, с какого города лучше начать). На рыбный аукцион - это надо рано вставать и ехать на такси (если не живете в пешей доступности). Ёёги парк - только как тусовка косплеистов (бывает по вс в районе полудня перед входом). Уж лучше в примыкающий парк с
храмом Мэйдзи. Еще можно на смотровую на
здании Токийской мэрии (открыто с 4 января - тоже к вопросу, куда ехать сначала, куда потом), заодно на небоскрёбы Западного Синдзюку посмотреть. Группировать это всё бессмысленно, совершенно разные концы. Уэно можно с Асакусой объединить (
храм Сэнсодзи) и с походом на
Токио Скай Три (обещают, что будет открыто все праздники; если идти сюда, то на Мэрию лазить бессмысленно, имхо, но имейте в виду, что мэрия - бесплатно, а скай три довольно дорог и толпы народу). Цукидзи - с
Одайбой (футуристический квартал на насыпных островах, несколько музеев интересных). Роппонги - рядом с
Сибуей (перекресток и статуя Хатико). Но насколько это всё интересно - вопрос. Есть такой подход еще: ездить по кольцевой JR Yamanote и выходить на больших станциях, это как раз будут, в частности, Уэно, Акихабара, Юракутё (рядом с
Гиндзой), Сибуя, Харадзюку (рядом с Ёёги парк и Мэйдзи Дзингу), Синдзюку, Икэбукуро и т.д.
