1. Правильно ли я понимаю, что в отличие от метро, где билет можно купить в автомате, билет на Cинкансен можно купить только в кассе JR?
Нет. Есть специальные автоматы для продажи билетов на синкансэны и поезда дальнего следования. Они выглядят по-другому. Про английский интерфейс ничего не знаю (не пользовался). Думаю, лучше покупать у кассира, дабы исключить ошибку.
2. Если я поеду из Токио в Хаконе не на JR, а, например, на Kintetsu Railways или из Киото в Нару на Odakyu Railways, то где на них бронировать билеты? Если я правильно понял, это частные компании и к JR отношения никакого не имеют. Могу лишь предположить, что у них должны быть свои кассы/офисы продаж. Так ли это?
Да, это так. (Только наоборот, Odakyu Railways - это из Токио в Хаконэ и обратно)
3. Если я к примеру взял билет на Синкансен с Reserved seat и не успел на свой поезд, то могу ли уехать на другом (Синкансене)? Где-то читал, что могу, но только в вагоне с Unreserved seat. Так ли это?
Совершенно верно.
Да, и еще интересно, а на Синкансене вообще стоя ездят? Спрашиваю потому, что моя поездка попадает в самый разгар Golden Week, а там говорят с билетами беда будет. Очень может быть что Reserved будут все выкуплены и садиться придется в Unreserved в порядке общей очереди.
Ездят запросто, причём такое бывает часто. В описанный вами период - очень может быть, а ещё - в воскресенье под вечер в сторону Токио.
4. Сколько времени лучше заложить на пересадку с NEX на Синкансен на станции Tokyo? Часа достаточно? (с учетом того, что надо будет еще купить билеты на Синкансен)
Японец бы заложил минут 5-8 Но то японец...
Билет на синкансэн можно купить и в аэропорту (как и в любой кассе по всей стране). Кассир подберёт и порекомендует Вам стыковку, но, возможно, придётся постоять в очереди.
JR-Pass'а не будет
Тогда порекомендую не тратиться на NEX, а поехать Keisei Skyliner'ом через Ниппори (если хочется чего-то скоростного), или вообще - обычной электричкой Keisei до Ниппори за 1000 иен. В кассе Keisei в аэропорту можно взять стыковочный билет (150 йен) до станции Токио - несколько остановок по линии Яманотэ (а можно - уже по прибытии в Ниппори). И уже по прибытии на токийский вокзал, не выходя из платной зоны(!), разбираться в первой попавшейся кассе с дальнейшей поездкой на синкансэне. Одним словом, вариантов масса.