Если вы будете соответствовать требованиям для 96-часового транзита - воспользуетесь им вместо визы на обратном пути, проблем не будет. Более того, вопрос в том, кем вы летите в Сингапур с Бали, если у вас стыкуются рейсы и это крупная компания, то возможно вы зарегистрируете багаж до Москвы и пройдете через транзитную зону без выхода в город, тогда вообще никаких вопросов.
Рекомендую почитать:
В Сингапур без визы - общие вопросы транзита
Виза/штамп в Сингапур - общие вопросы получения визы/штампов
Сингапурская транзитная виза и проблемы с JETSTAR Airways - о проблемах с авиакомпанией Jet Star
Транзит через Сингапур Аirasia. Виза нужна? - о полетах под транзит на Air Asia
Вопросы вы можете задать в соответствующих темах