На 3000 - 3500 долларов путешествовать по Индонезии можно месяц-полтора, так что с бюджетом у Вас все в порядке.
1. Красота природы в Индонезии это вулканы и национальные парки. Вулканов полно почти на всех островах и можно выбрать самые красивые - на Яве это Иджен, Бромо, Семеру, Келуд и Папандаян. Ещё очень хорош Кракатау, но только когда извергается.
Ещё очень красивые вулканы на Флоресе - Келимуту и на Ломбоке - Ринджани, остальное все попроще.
Из Национальных парков где я был могу посоветовать Меру Бетири на Яве, Тангкоко на Сулавеси и Букит Лаванг на Суматре.
И конечно самое маст си это Комодо и Ринча с варанами, как раз можно с вулканическими озерами Келимуту на Флоресе совместить.
2. Насчет чистого моря и чтобы не было народа - это сложно, я на таких не был, у меня море в основном на Бали, а там народ есть практически везде, это надо в соседнюю ветку с пляжами:
Самые красивые пляжи в Индонезии..желательно с фото, плиз (:3. Исторические достопримечательности из серии must to se - это несколько храмов на Бали и Промбанан с Боробудуром на Яве. Еще интересны традиционные деревни на Флоресе и Тана Тораджа на Сулавеси.
4. Бюджетно там практически всё - отели более-менее от 10 долларов, с кондиционером от 20, общ транспорт почти даром - например всю Яву можно за 50 долларов проехать, перелеты если взять заранее тоже не дорого, ну и за достопримы берут по-божески. То есть где-то на 50-80 баксов в день можно жить и путешествовать очень даже хорошо.
Самый дорогой и самый туристический остров Бали - там все дороже, и многое намного дороже.
Ну и везде в Индонезии нужно усиленно торговаться, а то индонезы дурят там туристов мама не горюй и разводят на каждом шагу - особенно на транспорте.