В Эль-Нидо (Палаван) может быть получше, за счет того, что циклон обычно ослабевает, когда туда доходит.
Хотя может Вам повезет, вы попадете в перерыв между тайфунами и будет прекрасная погода.
В октябре я бы выбирала острова, с которыми есть авиасообщение, чтобы не зависеть от паромов в случае тайфуна.
Можно скомбинировать Себу+Бохол.
Можно съездить на Палаван (Сабанг+Эль Нидо). Хотя с Эль-Нидо тоже лотерея, там надо на лодках красоты смотреть, а если тайфун, то лодки ходить не будут.
На Боракай Вам точно не нужно.
На всякий случай:
Скутеров там нет, есть мотоциклы. В некоторых местах требуют права категории А (на Негросе точно, про Бохол не знаю).
Хотя может сейчас уже стали и скутеры сдавать в аренду.