Земли Брессаноне были издревле заселены. Археологи нашли на территории следы поселений эпохи мезолит и бронзового века. Первое упоминание названия местности, близкое к современному, зафиксировано в 827 году. Местность носила имя Prichsna, затем – Prixina, наконец, в 1297 году – Brixen. Название, предположительно, происходит от кельтского «brik» - «возвышенность».
В 901 году епископ Сабионы, Захария, получил землю в дар от короля Людвига IV, последнего из Каролингов. Территория начала быстро застраиваться и развиваться. Уже в 965 году епископы решили перенести свою резиденцию из Сабионы в Бриксен. В 1017-39 годах были построены городские стены с башнями, вырыты рвы. Городу доводилось принимать участие в конфликтах и в религиозно-политических событиях. Так, к примеру, один из епископов Бриксена стал папой (папа Дамасий II, 1048). По большому счету, в средние века город процветал и был культурным и духовным центром региона. В 13 веке власть князей-епископов потеснило быстро набравшее силу Тирольское графство. В 1363 году титул графов Тироля был унаследован Габсбургами. В 1450 году епископ Никола Кузано попытался вернуть епископству Бриксена былую мощь. Он даже самопровозгласил себя герцогом. Однако после его смерти власть над всем регионом окончательно перешла к Габсбургам. Они правили Тиролем до начала 19 века.
