Вода будет теплее на Кипре.
Насчет большого количества экскурсий. На Кипре особо смотреть нечего. Если только на турецкую часть съездить.
На Крите гораздо интереснее, хотя, конечно, все равно не Италия. Исторический центр Рефимно неплох, советую приезжать туда вечером: марина, крепость, улочки освещены, полно народу, рестораны и магазины работают. Еще красивее Ханья. У нее марина очень выразительная. Там мне больше нравилось рано утром сидеть на лавочке и смотреть на маяк и корабли. Много природных красот, Фалассарна, Элафониси - незабываемые пляжи. На Крите попадаются отличные таверны (на Кипре рестораны в основном типично туристические).
Конечно, лучше брать машину. Крит довольно длинный. Правда, аренда авто на Крите обычно обходится дороже, чем на Кипре.
На Крит нужен Шенген в отличие от Кипра.
На мой вкус, Кипр больше подходит для чисто пляжного отдыха, и лучше осенью. Крит колоритнее, интереснее, в июле вполне можно проехаться по всему острову.